A múzeum személyzete 1974-ben költözött ki az épületből a legértékesebb tárgyakkal és a könyvtárral a Storno-ház három helyiségébe – majd azon belül is költöztek néhányszor. Az akkori alkalmazottak számára kemény, embert próbáló időszakot jelentett. Talán könnyített a lelkükön, hogy kinézve az ideiglenes irodáik ablakán láthatták, hogy halad a múzeum épületének rekonstrukciója, korszerűsítése.

A belváros régészeti feltárása 1972. és 1977. között folyt, s ezzel párhuzamosan a belvárosi rekonstrukcióban érintett épületekben – így a múzeumunkban is – alapos építészettörténeti kutatások kezdődtek. A kutatások eredményként visszaállították a palota 18. század közepére jellemző térszerkezetét -  a helyreállítási terv ugyanis egy ebből az időszakból fennmaradt alaprajzhoz nyúlt vissza. 

Számos helyen statikai megerősítésekre volt szükség, kicseréltek alapfalazatot és pilléreket. Az épület két szintjét vasbeton koszorúval fogták össze, a Bányászati Aknamélyítő Vállalat pedig szigetelte az épületet. Talán a legizgalmasabb része a feltárásnak az volt, hogy a Bástyakert felől az épület teljes szélességében egy 28 méter hosszú és 4-5 méter mély árkot ástak. A cél az volt, hogy a 600 éven át folyamatosan  feltöltődött kert földtömegének nedvességétől és nyomásától megóvják az épület hátsó falát. Megoldásként  a faltól 1,3  méterre 26,2 méter hosszú és 4,2 méter magas, 25 centiméter vastag betonfal épült. Ez a fal biztosítja az eredeti fal szellőzését is (a két fal között van is egy titkos, csak a múzeumosok által ismert folyosó).

Kibontották és átjárhatóvá tették az épület középkori pincerendszerét, csakúgy, mint az első emeleti gótikus ablakot, a kapubejáró gótikus ülőfülkéit. ( ezek annak a periódusnak őrzik az emlékét, amikor az épület egy egyemeletes polgárház volt, nagy pincékkel, gazdálkodásra alkalmas terekkel. Visszakerült az épület három emeleti helyisége, melyet az 1957-es nyitáskor a Templom u. 4. számhoz csatoltak. Az épület homlokzati szárnyát kivéve a teljes tetőtér beépítésre került. Ezekben raktárak, műhelyek, irodák kaptak helyet. Az 1957-es megnyitóra egy 12 teremből álló,  420 négyzetméteres kiállítás készült el. A rekonstrukció után 850 négyzetméternyi kiállítótér várt berendezésre, hasonló mérető kiszolgáló terület –raktárak, irodák, könyvár – arra, hogy a felújított épületbe visszaköltözzenek, azt újra múzeumként használják.